Město Prachatice leží v jihozápadní příhraniční části České republiky a je součástí Jihočeského kraje. Tvoří jej 8 katastrálních území (k.ú. Prachatice, Staré Prachatice, Libínské Sedlo, Perlovice, Kahov, Oseky, Volovice, Stádla).

Okolí města je tvořeno podhorskou vrchovinou s dominantním vrcholem Libína (1096 m n.m.), která plynule přechází v horské pásmo Šumavy. Vyšší nadmořská výška společně s velkou členitostí reliéfu výrazně ovlivňují klimatické podmínky. Průměrné zimní teploty činí od -5 do -9 °C, průměrné letní teploty se pohybují od 13 do 17°C. Převládající směry větrů: západní a jihozápadní. Městem protéká Živný potok, západně od města se nachází řeka Blanice a Husinecká přehrada. Historické jádro města je od roku 1981 městskou památkovou rezervací.